所谓的水冷式空压机是利用冷却水的流动性及温差使空压机设备的温度保持在一定范围内。冷却水可以用干净的自来水、除盐水或工业水等。风冷式空压机是利用空气的流动性带走热量，使螺杆式空压机始终保持在适合的温度范围内，一般设有进风口，空压机带有散热翅片，风扇等。
风冷空压机一般接通电源散热器便可同空压机一起工作，非常便捷。而水冷站房需安装水泵、水管道、冷却塔等额外的设备，并要定期检查和维护冷却水质量。因此建造成本相对高一些。
一般来说，水冷空压机具有更好的温度控制能力。水冷却器可以提供更高的冷却效率。
风冷空压机为避免冷热风交叉导致冷却效果变差，空压机站房需要留出足够的散热空间，必要时还需加装导风罩。水冷空压机站房则需要有足够的水资源。
水冷式空压机需关注冷却水的水质，水中可能含有钙、镁等离子，而这些东西容易在冷却器中因高温而起化学反应，在冷却器中结成水垢，从而影响冷却器的冷却效率，必要时可安装预过滤设备等。
风冷式空压机需留出一定的散热空间，必要时还需要加装导风罩。风冷机型维护保养简单，但受环境影响，在通风欠佳或是有粉尘的生产工况下，需定期除尘清扫，否则其散热表面易受灰尘覆盖，引起散热系统堵塞，影响冷却效果，甚至引发设备高温。
选择风冷还是水冷？可综合考虑：工作温度要求、噪音要求、环境影响、设备成本和维护等因素来做出决策。因地制宜，把合适的资源用在适合的地方。
多尘的生产工况，如：纺织、喷涂、水泥等行业，推荐使用水冷式空压机。水资源匮乏、通风条件好、用气量需求不大的应用则可选用风冷机型。
